Sau Nội chiến Trung Quốc, năm 1949, Phúc Kiến thuộc quyền kiểm soát của Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa, riêng quần đảo Kim Môn và quần đảo Mã Tổ do chính quyền Trung Hoa Dân Quốc tại Đài Loan chiếm giữ. Trung Hoa Dân Quốc cũng thành lập tỉnh Phúc Kiến, nhưng chỉ trên danh nghĩa, bộ máy chính quyền cấp tỉnh Phúc Kiến của Trung Hoa Dân Quốc hiện nay không hoạt động trên thực tế. Eo biển Đài Loan đã từng xảy ra ba cuộc khủng hoảng giữa hai bên vào các năm 1954 – 1955, 1958 và 1995 – 1996.

Từ năm 1949 đến 1954, Chủ tịch Chính phủ Nhân dân tỉnh Phúc Kiến là Trương Đỉnh Thừa (张鼎丞. 1898 – 1981)[2] giai đoạn (1949 – 1954) và Diệp Phi (叶飞. 1914 – 1999)[3] giai đoạn (1954 – 1955). Vào tháng 2 năm 1955, cơ quan được tổ chức lại thành Ủy ban Nhân dân tỉnh Phúc Kiến. Diệp Phi tiếp tục là Tỉnh trưởng Ủy ban Nhân dân tỉnh giai đoạn 1955 – 1959, sau đó là Giang Nhất Chân (江一真. 1915 – 1994)[4] (ba tháng năm 1959), Ngũ Hồng Tường (伍洪祥. 1914 – 2005)[5] giai đoạn (1960 – 1962), Giang Nhất Chân quay lại hai tháng năm 1962 và Ngụy Kim Thủy (魏金水. 1906 – 1992)[6] giai đoạn (1962 – 1967). Trong đó, Trương Đỉnh Thừa là Thủ trưởng tỉnh đầu tiên, đến năm 1954, điều chuyển khỏi Phúc Kiến, về Trung ương làm Viện trưởng Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao hơn hai mươi năm (1954 – 1975), Lãnh đạo cấp Phó Quốc gia. Tại Phúc Kiến, giai đoạn 1954 – 1958, là vùng đất trong xung đột Trung Quốc – Đài Loan, với Khủng hoảng eo biển Đài Loan lần 1 (1954 – 1955)[7] và Khủng hoảng eo biển Đài Loan lần 2 (1958)[8]. Diệp Phi quản lý hành chính tỉnh, kiêm nhiệm Tư lệnh và Chính ủy Quân khu Phúc Châu, tham gia các cuộc khủng hoảng eo biển, được thụ phong Thượng tướng năm 1955, về sau là Tư lệnh và Chính ủy Hải quân Giải phóng quânsau nhiều năm tham chiến hải quân rồi giữ vị trí Phó Ủy viên trưởng Nhân Đại (cấp Phó Quốc gia) trước khi nghỉ hưu.

Những năm đầu, dãy núi Phúc Kiến không thể xây dựng đường sắt, làm cản trở sự phát triển kinh tế của khu vực và liên kết với các tỉnh lân cận. Đường sắt Ưng Đàm – Hạ Môn (nối liền Ưng Đàm, Giang Tây và thành phố Hạ Môn) hoàn thành năm 1956 đã góp phần phát triển. Tuy Phúc Kiến trong những ngày đầu chững lại trong quá trình phát triển, nhưng đã bảo vệ hệ sinh thái của tỉnh, ngày nay, là nơi có tỷ lệ che phủ rừng cao nhất và sinh quyển đa dạng nhất ở Trung Quốc trong khi nhiều tỉnh miền Trung đang gặp nhiều phá hoại, ảnh hưởng xấu từ ô nhiễm.

Tháng 8 năm 1968, cơ quan hành chính được tổ chức lại thành Ủy ban Cách mạng tỉnh Phúc Kiến. Chủ nhiệm Ủy ban Cách mạng tỉnh Phúc Kiến là Hàn Tiến Sở (韩先楚. 1913 – 1986)[9] giai đoạn (1968 – 1973) và Liêu Chí Cao (廖志高. 1913 – 2000)[10] giai đoạn (1973 – 1977). Cả hai đều kiêm nhiệm Chính ủy Quân khu Phúc Châu, trong đó Hàn Tiến Sở là Thượng tướng, sau đó là Tư lệnh Quân khu Lan Châu rồi giữ vị trí Phó Ủy viên trưởng Nhân Đại (cấp Phó Quốc gia tương tự với Diệp Phi) trước khi nghỉ hưu.

Tháng 12 năm 1979, Ủy ban Cách mạng tỉnh Phúc Kiến giải thể và Chính phủ Nhân dân tỉnh Phúc Kiến được tái lập. Giai đoạn 1979 – 2020, có 12 Tỉnh trưởng Chính phủ Nhân dân tỉnh Phúc Kiến, là Mã Hưng Nguyên (马兴元. 1917 – 2005)[11] giai đoạn (1979 – 1983), Hồ Bình (胡平. 1930)[12] giai đoạn (1983 – 1987), Vương Triệu Quốc (1987 – 1990)[13], Giả Khánh Lâm (1990 – 1994)[14], Trần Minh Nghĩa (陈明义. 1940)[15] giai đoạn (1994 – 1996), Hạ Quốc Cường (1996 – 1999)[16], Tập Cận Bình (1999 – 2002)[17], Lư Triển Công (2002 – 2004)[18], Hoàng Tiểu Tinh (2004 – 2011)[19], Tô Thụ Lâm (苏树林. 1962)[20] giai đoạn (2011 – 2015), Vu Vĩ Quốc (2015 – 2017)[21], Đường Đăng Kiệt (2017 – nay).

Giai đoạn 1987 – 2002, Chính phủ Nhân dân tỉnh Phúc Kiến trở nên đặc biệt, có năm Tỉnh trưởng, bốn người sau đó trở thành cán bộ cao cấp. Đó là Lãnh đạo cấp Phó Quốc gia Vương Triệu Quốc (1941), Ủy viên Bộ Chính trị Đảng Cộng sản Trung Quốc, Phó Ủy viên trưởng thứ nhất Ủy ban Thường vụ Đại hội Đại biểu Nhân dân Toàn quốc, Chánh Văn phòng Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc, Bí thư Ban Bí thư Ủy ban Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc. Lãnh đạo Quốc gia vị trí thứ tư Giả Khánh Lâm (1940), là Bí thư Thành ủy thành phố Bắc Kinh trước khi trở thành Ủy viên Ban Thường vụ Bộ Chính trị Đảng Cộng sản Trung Quốc (khóa XVI, XVII), Chủ tịch Hội nghị Hiệp thương Chính trị Nhân dân Trung Quốc. Lãnh đạo Quốc gia vị trí thứ sáu Hạ Quốc Cường (1943), là Trưởng Ban Tổ chức Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc, Bí thư Thành ủy thành phố Trùng Khánh trước khi trở thành Ủy viên Ban Thường vụ Bộ Chính trị Đảng Cộng sản Trung Quốc (khóa XVII), Bí thư Ủy ban Kiểm tra Kỷ luật Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc. Bên cạnh đó còn có Lư Triển Công, hiện là Phó Chủ tịch Chính Hiệp, một chức vụ hàm Phó Quốc gia trước khi nghỉ hưu và Tô Thụ Lâm, người được bổ nhiệm làm Tỉnh trưởng Phúc Kiến năm 49 tuổi, đầy tiềm năng thăng cấp nhưng đã vi phạm kỷ luật nghiêm trọng, khai trừ khỏi Đảng năm 2017. Trong những năm ở Phúc Kiến, Hạ Quốc Cường tham gia ứng phó Khủng hoảng eo biển Đài Loan lần thứ ba, năm 1995 – 1996. Một loạt các vụ thử tên lửa do Trung Quốc tiến hành ở vùng biển xung quanh Đài Loan, bao gồm Eo biển Đài Loan. Nhóm tên lửa đầu tiên được bắn vào giữa đến cuối năm 1995 được cho là nhằm gửi tín hiệu mạnh mẽ tới chính phủ Trung Hoa Dân Quốc dưới thời Lý Đăng Huy, một phần Chính sách một Trung Quốc.[22]

Và Lãnh đạo Tối cao Trung Quốc đương nhiệm Tập Cận Bình (1953), Tổng Bí thư Đảng Cộng sản Trung Quốc, Chủ tịch nước Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa, Chủ tịch Ủy ban Quân sự Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc.